В функции Контрольно-счетной палаты Москвы кроме этого входит проведение внешней проверки отчета об исполнении бюджета города, экспертиза проектов городских целевых программ, контроль поступления средств в городской бюджет от управления городской собственностью; контроль исполнения доходных и расходных статей городского бюджета и целевых бюджетных фондов и соответствие их объему, целевому назначению и структуре. В случае выявления отклонений от установленных показателей городского бюджета Контрольно-счетная палата Москвы подготавливает предложения, направленные на их устранение и совершенствование бюджетного процесса в целом. В обязанности Контрольно-счетной палаты Москвы входит помимо этого оценка обоснованности доходных и расходных статей проектов городского бюджета и финансовая экспертиза проектов законов и других нормативных актов органов государственной власти столицы, которые предусматривают покрытие расходов за счет средств городского бюджета.
Ежеквартально контрольно-счетная палата отчитывается в установленной форме перед Московской городской Думой и предоставляет мэру Москвы информацию о ходе исполнения бюджета города. Согласно законодательству, форма отчета утверждается Московской городской Думой (Закон города Москвы "О Контрольно-счетной палате Москвы" 23-73 от 01.11.1995 г. в ред. Законов города Москвы от 10.06.1996 N 19, от 17.07.1998 N 18, от 15.03.2000 N 3, от 21.02.2001 N 6, от 11.05.2005 15).
В состав контрольно-счетной палаты входит ее Председатель, заместитель Председателя, семь аудиторов и сотрудники ее аппарата. Председатель и заместитель председателя контрольно-счетной палаты Москвы назначаются на должность постановлением Московской городской Думы на четыре года. Вопросы планирования и организации работы контрольно-счетной палаты, методологии контрольной деятельности и подготовка отчетов Московской городской Думе и информации Мэру Москвы находится в ведении Коллеги контрольно-счетной палаты. Порядок ее работы и компетенцию определяет Регламент Контрольно-счетной палаты. Внутренние вопросы деятельности контрольно-счетной палаты города Москвы, распределение обязанностей между аудиторами и другие вопросы определяются Регламентом и инструкциями, разработанными на его основе (Регламент Контрольно-счетной палаты Москвы. Утвержден 30.12.2004 г.).